Le 4 juin 1859, le commerçant réunionnais Henri Lambert, ancien consul de France à Aden, est assassiné dans le golfe de Tadjourah. Une mission conduite par le commandant de la station navale de la Côte orientale, le vicomte Alphonse Fleuriot de Langle, arrête les coupables, remis aux autorités turques¹, puis envoie une délégation de notables locaux à Paris. C’est avec un membre de cette délégation, le «représentant» du «sultan de Tadjourah», Diny Ahmed Aboubekr, que le 11 mars 1862, Édouard Thouvenel, alors ministre de Napoléon III, signe un traité de paix et d’amitié perpétuelle² par lequel la France achète « les ports, rade et mouillage d’Obock situés près du cap Ras Bir avec la plaine qui s’étend depuis Ras Aly au sud jusqu’à Ras Doumeirah au nord »³ pour 10 000 thalers de Marie-Thérèse⁴.

Ce n’est qu’en 1884 qu´une prise de possession réelle a lieu, avec l’arrivée d’un commandant le 1^er août : Léonce Lagarde. Il s’agit alors, dans le cadre de l’expansion coloniale française versMadagascar et l’Indochine, de créer une escale de ravitaillement pour les navires sur une route impériale.
Cependant, Léonce Lagarde étend le Territoire d’Obock et dépendances sous souverainté française à toute la côte nord du golfe de Tadjourah⁵, qui est occupée en octobre-novembre.
Après un accord sans suites avec le «sultan de Gobad» en janvier 1885, le 26 mars 1885, un accord avec les «chefs Issas»⁶ place la côte sud sous souveraineté française. Un accord territorial avec la Grande-Bretagne, par l’échange de notes des 2 et 9 février 1888, arrête cette expansion ⁷.

C’est la même année, en 1888, qu’est créé le port de Djibouti qui devient le chef-lieu de la nouvelle Côte française des Somalis en 1896. En 1895, la ville compte 5 000 habitants. Elle est placée sous l’autorité administrative de Bourhan Bey, fils de l’ancien gouverneur de Zeila, Abu Bakr Ibrahim.